朱元璋将太平路改为元帅府，作为副都元帅与郭天叙、张天佑共同主持元帅府事。朱元璋兼任太平翼元帅，负责守卫太平。
太平附近的元军立即组织了一次反扑，政府军水师汇合亲元义军元帅康茂才部开到采石附近的江面，截断义军的归路，陆军汇合亲元义军元帅陈野先部从路陆开展进攻。朱元璋派常遇春率领水师击败了康茂才，又亲率陆军采用前后夹击的办法大败元军，擒获陈野先，并降其部众。
郭天叙、张天佑二人打算抢下攻取南京的首功，以便确立自己有盟军中的优势地位，张天佑率领诸军攻打南京，陈野先的部众随同参加了作战，他本人被留在太平作为人质，这次行动没有成功。
郭天叙、张天佑率领邵荣、赵继祖等嫡系大将在南京外围攻掠，从南京东南的溧水、句容一带进攻南京东门，朱元璋本应从太平出发，自西向东夹攻南京，但他并没有出击，而是派陈野先率领部众进攻南京南门，配合郭天叙、张天佑的行动。
在战斗中，陈野先突然叛变，与宴席上诱杀了郭天叙，并突袭张天佑，这样，朱元璋就借他人之手除掉了内部竞争者。陈野先追击红军到溧阳，马疲乏落后，当地忠于元朝的民兵不知底细，以为他己经投降红军，设下埋伏将他击杀，陈野先死后，部队由他的侄子陈兆先接管。
郭天叙死后，郭子兴还有一个儿子郭天爵，韩林儿根据历史和现实封朱元璋为平章政事，郭天爵为中书右丞，郭天爵眼睁睁的看着朱元璋侵占了自家的产业，心里十分的不满，他试图谋害朱元璋，而被处死，当然这只是朱元璋的一面之辞，是朱元璋为了清除绊脚石而将郭天爵害死。
至此，朱元璋完全实现了自立门户的理想，这不仅是自立门户，而是侵夺了郭子兴的全部财产。
朱元璋亲率大军攻打南京，三日到达南京西南三十里的板桥，招降了盘距南京东南方山一带的陈兆先部三万六千多人，由于先前的叛变，陈兆先的部将担心红军会杀了他们，为了安抚降军，朱元璋从中挑选五百名壮士，作为自己的贴身卫队，由冯国用率领，晚上在他们的护卫下解甲酣睡直到天亮，降兵们看到朱元璋如此信任他们，立刻打消了顾虑，并与义军一起投入到攻打南京的战斗中。
十日，南京城破，元守将福寿战死，康茂才投降。进入南京后，朱元璋亲自召见元朝官吏和士绅代表，对他们说：“元朝政治腐败，导致干戈四起，我来到此地只是为民除乱，保一方平安，你们不要担心害怕，像以前一样该干嘛就干嘛，有才能的贤士我一定礼用，不好的旧政我废除，不使官员贪暴殃及老百姓。”大家听了十分高兴，人心安定了，秩序恢复了。
小明王得到捷报后，升朱元璋为枢密院同佥，不久又升为江南等处行省平章，李善长为左右司郎中，以下诸将都升元帅。
郭天叙、张天佑二帅死后，嫡系大将邵荣、赵继祖仍然控制着他们的余部，实力不俗，韩林儿封邵荣为行枢密院同知，为名义上的最高军事长官，地位仅次于朱元璋，此举有牵制之意。
朱元璋对封赏并不满意，他需要更大的头衔，以增强自己的说服力。朱元璋授意部下联名要求韩林儿封自己为吴国公，韩林儿只好照办。
此时朱元璋己经有将近十万人的兵力，各支方面军称为翼，领军将领称为元帅，此后每攻克一个较大的城市都设一个翼，各翼元帅全面行使军政大权，朱元璋建立了帐前总制亲军都指挥使司，交由亲信冯国用统率，下设前、后、左、右、中五翼，人数为三万，众多亲信猛将精兵多属此系统。
占领南京后，四周的形势是，在东部，元将定定扼镇江，青衣军张明鉴据扬州；在南部，别不华、杨仲英屯宁国，八思尔不花驻徽州，石抹宜孙守处州，其弟厚孙守婺州，宋伯颜不花守衢州。
这些地方都是朱元璋下一步进食的对象，但他必须吃得快一点，因为张士诚和徐寿辉的刀叉也在伸向这些地区，朱元璋很担心他们比自己先吃掉这些美食。
就在朱元璋渡江的同时，苏北的张士诚和湖广的徐寿辉也渡过长江向南发展，高邮战役后，元廷再次对张士诚祭出招抚的大旗，虽然他们己经被张士诚戏弄了两次，两名使者被杀，但他们似乎不愿在红巾军之外再树立更多的对手，于是厚着脸皮第三次派出使者招抚张士诚，许以更高的官职，但是张士诚在高邮奇迹般地逃脱覆灭的命运后深信自己得了上天的眷注，更加看不起虚弱的朝廷，当元朝的使者到来后，他再次无情地戏弄了朝廷，杀死了使者，和前两次做得一样。
到了秋天，江阴义军首领为仇敌所逼投靠张士诚，请他派大兵南下，攻占富庶的江苏南部地区。这一事件使井底之蛙张士诚有了拓展领土的愿望，张士诚派他能干的二弟张士德带兵渡过长江，试探拓展江南的可能性，这一试探顺利得让人难以置信，张士德仅率三四千人渡江，攻占常熟，拿下苏州，此后又拿下昆山、嘉定、崇明、松江、常州、湖州，攻城略地就像是地上捡白菜一样容易，东南富庶之区在不到二个月的时间就成了张士诚的囊中之物。
张士诚对这一意外之财喜出望外，将都城从高邮搬迁到苏州，此后他们的军队连续出击，不仅略定江苏南部，并且延伸到了浙江北部。徐寿辉部进军东南的时间很早，起义刚刚爆发不久，他们的兵锋就达到江西，第二年更进一步向东南挺进，远征福建，占领了沿海福安、宁德等县，彭莹玉及其部将项普略则自徽州、饶州东进，攻破杭州。他们进食的模样很像是鬣蜥弹出的长舌，但他们有些消化不良，元将董传霄组织反攻，彭莹玉、项普略先后战死，义军被迫撤出杭州。
元政府组织江浙行省、江西行省、河南行省、四川行省、湖广行省五路大军重点围剿天完红军，天完国都蕲水陷落，徐寿辉败出黄梅山，几乎陷于绝境，他们从一夜爆富沦为输得脱裤。
朱元璋夹在张士诚、徐寿辉之间，在拓展领土的过程中，朱元璋不仅要面对元军，地主武装，还要面对这两支义军。
他的战线有三条，一是东线，淮东苏南、浙北一带，主要对手是张士诚；二是南线，浙西、皖南一带，对手有张士诚、元军和亲元的苗军杨完者部以及狡诈观望的方国珍部；三是西线，皖西、江西长江流域，主要对手先是徐寿辉后是陈友谅。战事连绵不断，历时多年，共同组成了朱元璋称霸江南初创大明基业的战争的全貌。
朱元璋和张士诚同时向苏南、浙北进军，两人的嘴咬在了一根骨头上，争抢再所难免。刚打下南京不久，朱元璋就派徐达夺取了南京东面的门户镇江，又派邓愈攻占南部重镇广德。
朱元璋一方面积极抢食，另一方面还要劝张士诚节食，他派杨宪出使平江，劝对方悠闲点。张士诚认为朱元璋把他比作没主见、没骨气的小人，十分的生气，不但不予回信，反而扣压了使者杨宪，他下一步还打算给朱元璋一点颜色看看。
张士诚发兵攻打镇江，作为朱元璋嘲笑他是槐嚣的回报，但他的挑衅招来了更大的羞辱。朱元璋驰谕徐达，指示他不要在镇江被动挨打，应乘胜进攻常州，同时发动三万兵马，协助攻取。
徐达击败了对镇江的进攻，乘胜派大军包围了常州，张士诚急派他的二弟张士德率领数万大军增援，张士德不久前渡江南下攻城略地所向披糜，骄气十足，没有把朱元璋的军队放在眼里。徐达看准了张士德的骄横，决定诱敌深入，他在距城十八里处埋下伏兵，而后派骑兵向张士德军发起进攻，张士德大怒，命令大队追击，中伏被擒，几万援兵四散逃窜。
张士德被俘令张士诚十分沮丧，他不得不遵照母亲的指示，派遣使者孙君寿到南京求和，愿意每年输粮二十万石，黄金五百两、白银三百斤，罢战弭兵，各守封疆。朱元璋知道张士诚是一个孝子，抓住张士德就等于捏住了张士诚的蛋蛋，不能轻易放手，他要利用张士德狠狠敲诈张士诚一把，因此要价很高，回书馈粮五十万石，当即班师，张士诚严辞拒绝。
徐达继续攻打常州，却久攻不下，朱元璋十分着急，下令把徐达以下将官一律官降一级，他写信批评徐达，朱元璋亲自到镇江督师，又调拔两万精兵增援，但是常州仍岿然不动，直到围困八个月之久的常州才被攻陷。
但是张士诚的地盘并非都像常州那样坚固，在围攻常州期间，朱元璋很轻松的攻取了长兴、泰兴和江阴。长兴，江阴是两个战略要地，长兴扼守太湖西口，是张士诚陆路通往西部的要道，取之可以断绝张士诚西进的道路，江阴枕大江，蔽姑苏，是长江岸边的交通要道，取之张士诚的水师难以从长江西进，这样一来，朱元璋就把张士诚的手脚给困住了，使他难以对朱元璋的地区构成威胁。
朱元璋命令徐达、常遇春自常州回师南下攻打宁国，守卫宁国的是元将别不华，协防地主武装有朱亮祖部和谢国玺部，谢国玺部隶属于亲元义军长枪军，但是他们的腿比他们的枪还要长，在明军到达之前就逃跑了，朱亮祖却十分骁勇，配合别不花拼死抵抗，给明军造成了很大麻烦，徐达等人攻打多日未能拿下，常遇春还中流矢受伤。
后来朱元璋亲自从南京驰援，才一举拿下宁国，并俘虏了朱亮祖，朱元璋爱惜其才，又给了他一次机会，之后朱亮祖奔走驱驰，忠心效劳。朱亮祖曾在太平战役中被朱元璋俘虏，后来又叛变归元廷，这次是他第二次被俘，虽然有上一次叛变的劣迹，但是朱亮祖为建国大业立下赫赫的战功。
骁将邓愈和胡大海又连手拿下徽州，朱元璋将宁国路和徽州路都交由邓愈镇守，他对这位能干的年轻人非常的看好。
朱元璋主力南下的时候，东线江苏的长兴、江阴、常州分别由将领耿炳文、吴良、汤和守卫，这三人都是朱元璋的心腹，因此朱元璋才把战略要地交给他们，要求他们谨守门户，他曾对吴良说：“江阴是我东南屏障，你一定要约束士卒，谨守城池。要切记，不要同外界结交，不要接纳逋逃，不要贪小利，不要与敌争锋，保境安民，城池坚固，就是你唯一的职守。”三人按照朱元璋的指示高挂免战牌，并击退了张士诚的多次进攻，确保城池的不失，为朱元璋稳定了后方。